
Pondok Pesantren Annida Al-Islamy yang di dirikan oleh KH. Muhammad Muhajirin pada tahun 1963, sepulangnya dari tanah suci Makkah Mukarramah, yang melaksanakan kegiatan pendidikan dengan sifat non-formal, dengan pengertian mendidik anak-anak santri dengan berbagai macam ilmu agama melalui kitab-kitab klasik, yang sering disebut dengan kitab gundul. Kondisi saat itu masih sangat sederhana, banyak orangtua murid menitipkan anak-anaknya untuk belajar agama, dan proses belajar mengajarpun masih menggunakan sistem salafi yang telah dikenal dalam dunia pesantren.
Seiring berjalannnya waktu, KH. Muhammad Muhajirin, menjadikan Pondok Pesantren ini menjadi lembaga pendidikan formal yang berada di bawah naungan Yayasan. Dibentuklah pengurus Yayasan yang menaungi salah satu lembaga yaitu Madrasah Aliyah. Saat ini, seluruh aktivitas kegiatan pendidikan sekolah maupun Pesantren di lingkungan Perguruan Annida al-Islamy berada di bawah naungan yayasan al-Hanin.
Sejak berdirinya Madrasah Aliyah Annida Al-Islamy Bekasi dengan NSM: 131232750006 pada tanggal 9 Nopember 2010, MA. Annida Al-Islamy Bekasi telah Terakreditasi dengan peringkat ìAî (Amat Baik), berdasarkan SK. Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN S/M) Nomor : 02.00/535/BAP-SM/XI/2010. MA Annida Al-Islamy Bekasi saat ini memiliki tenaga pendidik berjumlah 35 yang terdri dari lulusan pesantren 4 guru, S-1 sebanyak 25 guru, dan S-2 sebanyak 6 guru. Adapun jurusan pendidikan yang terdapat di MA. Annida Al-Islamy adalah program jurusan Bahasa, IPA, IPS dan Keagamaan.